Não adianta pedir para que o usuário digite o número de telefone em um determinado formato no formulário do seu site que ele não vai seguir suas recomendações. O ideal será utilizar uma mascara utilizando algum código javascript para formatar conteúdo da forma que você desejar. Para isto você pode utilizar o Masked Input Plugin que é um plugin do conhecido jquery.js

Com ele é possível formatar campos de data, telefone, SSN, Chave de produtos, e Tax ID. Se você tem algum conhecimento em javascript será fácil fazer adaptações para outros formatos como cnpj, cpf, rg, cep, etc.

Para ver um exemplo funcionando visite Masked Input Plugin e clique na orelha “Demo”.